As exceções previstas para a não exigência de fatura eletrónica, nos contratos públicos, resultam de compras ao abrigo de:
- Procedimentos por ajuste direto simplificado (n.º 3 do artigo 128.º do CCP);
- Contratos declarados secretos ou acompanhados de medidas especiais de segurança (n.º 2 do artigo 299-B do CCP).
O Instituto de Gestão Financeira e Equipamentos da Justiça, IP (IGFEJ) utiliza a solução para implementação da Fatura Eletrónica na Administração Pública (FE-AP) fornecida pela eSPap – Entidade de Serviços Partilhados da Administração Pública, IP.