Para a organização do IGFEJ são particularmente relevantes dois órgãos: o Conselho Diretivo e o Fiscal Único.
Conselho Diretivo
O Conselho Diretivo é o órgão máximo do IGFEJ e é composto por um presidente e dois vogais.
Atualmente, o Conselho Diretivo apresenta a seguinte constituição.
Joaquim Carlos Pinto Rodrigues
Presidente
despacho de nomeação
Vasco José Manso de Oliveira Costa
Vogal
despacho de nomeação
Carlos Jorge da Costa Brito
Vogal
despacho de nomeação
Fiscal Único
O Fiscal Único é o órgão responsável pelo controlo da legalidade, da regularidade e da boa gestão financeira e patrimonial do instituto.
Quem desempenha esta função é o revisor oficial de contas, Eduardo Marques Ferreira, representante da sociedade Ribeiro & Ferreira – Sociedade de Revisores Oficiais de Conta -, cujo mandato tem a duração de cinco anos (21-11-2014 a 21-11-2019).
despacho de nomeação